【5.1】bamsurgeon--模拟突变的bam文件

NGS流程需要测试，这里的测试可以是样本的测试，也可以是已知突变的bam文件的测试，这里我们将生成模拟的bam来测试NGS流程。

一、bamsurgeon简介

BAMSurgeon（由共同第一作者Adam Ewing开发），能够产生肿瘤基因组的一个精确模拟。

下载地址： https://github.com/adamewing/bamsurgeon

二、用法：

见软件说明

三、讨论：

1. bam文件需要有.bai的索引

2. 插入突变和一般突变需要先后处理

3. 一个文件夹中的突变位点位置不要太近，不能是同一条reads上的，因为它的原理是多线程的提取出对应的reads突变以后，再合并；如果很近的位点要同时突变，则需要先后处理

4. ValueError: quality and sequence mismatch: 145 != 150 删除突变太长，部分amplicons的序列的长度不包括删除突变的几个位点 修改代码即可

5. DEL突变的频率不一致 好几个Amplicons包括DEL那个区间，其中有的Amplicon质量不好

6. 这个程序有时候不能生成bam文件，也不报错，有可能仅仅是参数设置把结果给过滤了， 例如：coverdiff这个值默认的是0.9，我怎么都不能生成bam文件，一路debug，才发现 我的bam文件生成的值是0.88，给过滤掉了。忧伤。。。

参考资料：