【4】二级核酸数据库

二级核酸数据库包括的内容非常多。其中 NCBI 下属的三个数据库经常会用到。他们是 RefSeq 数据库,dbEST 数据库和 Gene 数据库。RefSeq 数据库,也叫参考序列数据库,是通 过自动及人工精选出的非冗余数据库,包括基因组序列、转录序列和蛋白质序列。凡是叫 ref 什么的数据库都是非冗余数据库,就是已经帮你把重复的内容去除掉了。dbEST 数据库, 也就是表达序列标签数据库,存储的是不同物种的表达序列标签。Gene 数据库以基因为记 录对象为用户提供基因序列注释和检索服务,收录了来自 5300 多个物种的 430 万条基因记 录。

此外,非编码 RNA 数据库,提供非编码 RNA 的序列和功能信息。非编码 RNA 不编码 蛋白质但在细胞中起调节作用。目前该数据库包含来源于 99 种细菌,古细菌和真核生物的 3 万多条序列。microRNA 数据库主要存放已发表的 microRNA 序列和注释。这个数据库可 以分析 microRNA 在基因组中的定位和挖掘 microRNA 序列间的关系。 关于核酸数据库就给大家介绍到这里。

数据库 网址
RefSeq https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
dbEST https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
Gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
ncRNA http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA
microRNA http://www.mirbase.org/

参考资料:

山东大学 生物信息学课题组荣誉出品 http://www.crc.sdu.edu.cn/bioinfo 巩晶老师课件

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