IGV –基因组可视化工具

IGV(Integrative Genomics Viewer)是一个基因组可视化的工具

一、简介

官网:http://www.broadinstitute.org/igv/

使用说明:http://www.broadinstitute.org/igv/book/export/html/6

下载地址:http://www.broadinstitute.org/software/igv/download

学习资料:http://pan.baidu.com/s/1o8SDf42

我选择的版本 Binary Distribution

解压缩后,在cmd终端中输入

e:
cd e:\backup\igv_2.3.67
java -Xmx750m -jar igv.jar
(可以调整750的数值来改变IGV可调用的内存)

运行方式二:

sh igv.sh

在igv.sh中调节内存的大小

二、注意

1.如果上传的是bam或sam文件,需要在同一个文件夹中加入index文件(即.bai)文件 2. 比对结果明明没有插入,但是IGV识别出有插入,应该是bam文件中该序列对应的位置信息不清楚

三、讨论

1.Igv使用过程中截图,同时保留深度等信息

PrintScreen + Ctrl C

2.reads红色和蓝色分别代表什么?

IGV uses color coding to flag anomalous insert sizes.

Blue is for inserts that are smaller than expected. That is, the inferred insert size on the reference genome is smaller than expected given the actual insert size.

Red is for inserts that are larger than expected. That is, the inferred insert size on the reference genome is larger than expected given the actual insert size.

蓝色代表插入序列比期望的小

红色代表插入序列比期望的大

参考资料

http://www.wtoutiao.com/p/x2dFKv.html (更多细节参考)

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