【3.4】三级结构的比对

结构比对就是对蛋白质三维空间结构的相似性进行比较。他是蛋白质结构分析的重要手段之一。

  1. 可用于探索蛋白质进化以及同源关系
  2. 改进序列比对的精度
  3. 改进蛋白质结构预测工具
  4. 为蛋白质结构分类提供依据
  5. 帮助了解蛋白质功能

结构比对的结果可以用很多种参数来衡量,最常用的是 root mean squared deviations(RMSD)。如果两个结构的RMSD为0埃,那么他们结构一直,可以完全重合;一般来说,RMSD小于3埃时,认为两个结构相似。

工具

  1. SuperPose

输入A,B两个模型,输出结果中B没有移动,只有A移动了位置。所以只需要下载移动后的A,再与B同时用VMD打开,就可以看到叠合后的结构。

  1. SPDBV

是一款蛋白质结构分析软件,也是一个蛋白质同源建模平台。其结构叠合功能十分出色。可进行整体智能叠合,或者选择性叠合。下载后无需安装,直接运行。

参考资料:

山东大学 生物信息学课题组荣誉出品 http://www.crc.sdu.edu.cn/bioinfo 巩晶老师课件

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