Tat的预测

一 Tat的简介

在细菌和古菌中的蛋白要想跑到周质空间,一般都会具有Sec或Tat(twin-arginine translocation))信号肽。而Sec模式转移的未结构化的蛋白,而Tat模式转移的是已经折叠好的蛋白。Sec途径一般保守,必须,也是抓哟的蛋白跨膜转移途径。而Tat途径在一部分细菌和古菌中得到证实是必须的途径。通过Tat跨膜机制的蛋白一般都会含有保守的twin-arginine基序的信号肽。而实现这个转运的过程需要依靠膜结合蛋白TatA, TatB, TatC蛋白家族(有的物种中,仅仅TatA和TatC就可以实现)。TatA与TatBj进化距离近,差距小,容易分不清。

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蛋白质跨膜结构域预测

一  跨膜蛋白的定义

由双层脂类组成的生物膜结构是细胞的基本构成单元,然而,生物膜的大部分功能是由镶嵌在生物膜中的蛋白质来完成的,膜蛋白决定了生物膜的功能特性,因此,不同类型的生物膜,其蛋白构成比例有很大的差别,以质量来算,从25%到75%不等。另一个角度来说,生物体内的蛋白质中,20-30%都属于膜蛋白,因此膜蛋白在细胞的功能中占据重要地位是显而易见的。由于膜蛋白很难得到大量外源表达,纯化、结晶也非常困难,所以得到结晶X线衍射明确其结构的膜蛋白至今仍然很少,目前对于膜蛋白的结构研究,仍然处于起步阶
段。

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ncRNA注释–Rfam

一 Rfam 简介

Rfam 是一个数据库,用于鉴定non-coding RNAs。由多重序列比对(multiple sequence alignments)和协方差模型(covariance models,CMs)代表。Rfam的主要目的是使用敏感BLAST过滤器连同CMs,对核苷酸序列,特别是完整基因组,注释已知RNA家族的新成员。具有一个非常广泛的分类学区域的少数家族(例如,tRNA和rRNA)提供了大多数的序列注释,同时大多数Rfam家族(例如,snoRNAs和miRNAs)具有有限的分类范围,并提供了有限数目的注释。

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tRNA的预测–tRNAscan-SE

1. tRNAscan-SE 简介

tRNAscan-SE 能在基因组水平上进行tRNA扫描。该软件实际上是一个perl 脚本,整合了tRNAscanEufindRNACove 这3个独立的tRNA检测软件。tRNAscan-SE 首先调用 tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组序列中 tRNA区域,然后调用Cove进行验证。这样既保证了前者的sensitivities, 又保证了后者较低的假阳性概率,同时在搜索速度上提升了很多。

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16SrRNA的预测与鉴定

16S  rRNA作为微生物的特征片段,在鉴定微生物物种的过程中起着重要的作用。我们在做宏基因组分析的时候可以找一下scaffolds中的16S  rRNA,然后跟数据库比对,看里面都有什么物种;或者我们直接对环境样品进行16S  rRNA 高通量测序,然后来获知该环境样品的群落组成。总之16srRNA的分析很重要。本博文将围绕16S  rRNA的预测与鉴定两部分展开。

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