reads mapping and variants calling

Reads mapping是指将测序得到的DNA片段(也就是reads)定位在基因组上,通过Reads mapping,在克服了深度测序产生的Reads过短导致的技术困难的同时,也方便利用基因组位置作为桥梁,来将测序得到的数据与前期研究产生的注释结果进行整合。Reads mapping往往被做为深度测序数据分析的第一步,其质量的好坏以及速度的快慢,都会直接对后续的分析工作产生影响。
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sam格式

SAM是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。
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