Trimmomatic对raw reads的过滤

Trimmomatic是一个针对 Illumina高通量测序的reads trim的工具。既能够针对paired-end 也能弄single ended。它能够利用FASTQ文件(phred + 33 或者是phred + 64 碱基质量格式,取决于Illumina测序的机器)。对于single-ended,一个输入文件和一个输出文件,加上参数。对于paired-end数据,两个输入文件,4个输出文件,分别为2个是’paired’,2个是’unpaired’(一个为forward的,一个为reverse的)

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