numpy

Numpy是Python的一个科学计算的库,提供了矩阵运算的功能,其一般与Scipy、matplotlib一起使用。其实,list已经提供了类似于矩阵的表示形式,不过numpy为我们提供了更多的函数。

  • a powerful N-dimensional array object
  • sophisticated (broadcasting) functions
  • tools for integrating C/C++ and Fortran code
  • useful linear algebra, Fourier transform, and random number capabilities

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tRFLP中酶切位点的统计

矫情一下:这是我上周日从中午12点到晚上8点,用Python完成的第一个脚本,写完后感觉累坏了。整个写的过程中,就像是在解一道数学应用题,有点点痴迷和陶醉的味道。
脚本目的:两个文件,一个fasta文件,一个OTU文件(每个otu包含很多序列名)。给定每条序列的酶切位点,统计每条序列被切割后片段的长度,最后统计每个otu中不同序列名对应长度的数目。

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