IGV(Integrative Genomics Viewer)是一个基因组可视化的工具

官网:http://www.broadinstitute.org/igv/
使用说明:http://www.broadinstitute.org/igv/book/export/html/6
下载地址:http://www.broadinstitute.org/software/igv/download

我选择的版本 Binary Distribution

解压缩后,在cmd终端中输入
e:
cd e:\backup\igv_2.3.67
java -Xmx750m -jar igv.jar
(可以调整750的数值来改变IGV可调用的内存)

运行方式二:

sh igv.sh

在igv.sh中调节内存的大小

注意:
1.如果上传的是bam或sam文件,需要在同一个文件夹中加入index文件(即.bai)文件
2. 比对结果明明没有插入,但是IGV识别出有插入,应该是bam文件中该序列对应的位置信息不清楚

参考资料:
http://www.wtoutiao.com/p/x2dFKv.html (更多细节参考)

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