2.2 biom文件

QIIME, MG-RAST, VAMPS中一种存储数据的格式

通过pick_de_novo_otus.py等产生

形式例如:

OTU ID PC.354  PC.355  PC.356
OTU0   0   0   4
OTU1   6   0   0
OTU2   1   0   7
OTU3   0   0   3

在这些脚本中被使用beta_diversity_through_plots.py, alpha_rarefaction.py和summarize_taxa_through_plots.py.py.

将otu_table.biom转化为txt的格式

biom convert -i otu_table/otu_table.biom -o table_from_biom_w_taxonomy/table.from_biom_w_taxonomy.txt -b --header-key taxonomy

更多关于它的内容,参考:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html

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