【4】进程管理-7-Python命令行神器--Click

Click(https://github.com/pallets/click) 是用 Python 写的一个第三方模块,用于快速创建命令行。我们知道,Python 内置了一个 Argparse(https://docs.python.org/2/howto/argparse.html) 的标准库用于创建命令行,但使用起来有些繁琐,Click 相比于 Argparse,就好比 requests 相比于 urllib。

官网说明:http://click.pocoo.org/6/

一、用法

Click 的使用大致有两个步骤:

  • 使用 @click.command()装饰一个函数,使之成为命令行接口;
  • 使用 @click.option()等装饰函数,为其添加命令行选项等。

1.1 基本例子

它的一种典型使用形式如下:

import click

@click.command()
@click.option('--param', default=default_value, help='description')
def func(param):
	pass

下面,让我们看一下官方文档( http://click.pocoo.org/6/ )的入门例子:

import click

@click.command()
@click.option('--count', default=1, help='Number of greetings.')
@click.option('--name', prompt='Your name', help='The person to greet.')
def hello(count, name):
	"""Simple program that greets NAME for a total of COUNT times."""
	for x in range(count):
		click.echo('Hello %s!' % name)

if __name__ == '__main__':
	hello()

在上面的例子中,函数 hello 有两个参数:count 和 name,它们的值从命令行中获取。

  • @click.command() 使函数 hello 成为命令行接口;
  • @click.option 的第一个参数指定了命令行选项的名称,可以看到,count 的默认值是 1;

使用 click.echo 进行输出是为了获得更好的兼容性,因为 print在 Python2 和 Python3 的用法有些差别。

看看执行情况:

$ python hello.py
Your name: Ethan           # 这里会显示 'Your name: '(对应代码中的 prompt),接受用户输入
Hello Ethan!

$ python hello.py --help   # click 帮我们自动生成了 `--help` 用法
Usage: hello.py [OPTIONS]

  Simple program that greets NAME for a total of COUNT times.

Options:
  --count INTEGER  Number of greetings.
  --name TEXT      The person to greet.
  --help           Show this message and exit.

$ python hello.py --count 3 --name Ethan    # 指定 count 和 name 的值
Hello Ethan!
Hello Ethan!
Hello Ethan!

$ python hello.py --count=3 --name=Ethan    # 也可以使用 `=`,和上面等价
Hello Ethan!
Hello Ethan!
Hello Ethan!

$ python hello.py --name=Ethan              # 没有指定 count,默认值是 1
Hello Ethan!

option 最基本的用法就是通过指定命令行选项的名称,从命令行读取参数值,再将其传递给函数。在上面的例子,我们看到,除了设置命令行选项的名称,我们还会指定默认值,help 说明等,option 常用的设置参数如下:

default: 设置命令行参数的默认值
help: 参数说明
type: 参数类型,可以是 string, int, float 等
prompt: 当在命令行中没有输入相应的参数时,会根据 prompt 提示用户输入
nargs: 指定命令行参数接收的值的个数

下面,我们再看看相关的例子。

1.2 使用 type 来指定参数类型:

import click

@click.command()
@click.option('--rate', type=float, help='rate')   # 指定 rate 是 float 类型
def show(rate):
	click.echo('rate: %s' % rate)

if __name__ == '__main__':
	show()

执行情况:

$ python click_type.py --rate 1
rate: 1.0
$ python click_type.py --rate 0.66
rate: 0.66

默认的为整数,如果不指定数据类型为float,则会报错 “is not a valid integer value python”

1.3 可选值

在某些情况下,一个参数的值只能是某些可选的值,如果用户输入了其他值,我们应该提示用户输入正确的值。在这种情况下,我们可以通过 click.Choice() 来限定:

import click

@click.command()
@click.option('--gender', type=click.Choice(['man', 'woman']))    # 限定值
def choose(gender):
	click.echo('gender: %s' % gender)

if __name__ == '__main__':
	choose()

执行情况:

$ python click_choice.py --gender boy
Usage: click_choice.py [OPTIONS]

Error: Invalid value for "--gender": invalid choice: boy. (choose from man, woman)

$ python click_choice.py --gender man
gender: man

1.4 多值参数

有时,一个参数需要接收多个值。option 支持设置固定长度的参数值,通过 nargs指定。

import click

@click.command()
@click.option('--center', nargs=2, type=float, help='center of the circle')
@click.option('--radius', type=float, help='radius of the circle')
def circle(center, radius):
	click.echo('center: %s, radius: %s' % (center, radius))

if __name__ == '__main__':
	circle()

在上面的例子中,option 指定了两个参数:center 和 radius,其中,center 表示二维平面上一个圆的圆心坐标,接收两个值,以元组的形式将值传递给函数,而 radius 表示圆的半径。

执行情况:

$ python click_multi_values.py --center 3 4 --radius 10
center: (3.0, 4.0), radius: 10.0

$ python click_multi_values.py --center 3 4 5 --radius 10
Usage: click_multi_values.py [OPTIONS]

Error: Got unexpected extra argument (5)

1.5 补丁参数

argument 还有另外一种常见的用法,就是接收不定量的参数,让我们看看例子:

import click

@click.command()
@click.argument('src', nargs=-1)
@click.argument('dst', nargs=1)
def move(src, dst):
	click.echo('move %s to %s' % (src, dst))

if __name__ == '__main__':
	move()

其中,nargs=-1 表明参数 src 接收不定量的参数值,参数值会以 tuple 的形式传入函数。如果 nargs 大于等于 1,表示接收nargs个参数值,上面的例子中,dst 接收一个参数值。 让我们看看执行情况:

$ python click_argument.py file1 trash    # src=('file1',)  dst='trash'
move (u'file1',) to trash

$ python click_argument.py file1 file2 file3 trash   # src=('file1', 'file2', 'file3')  dst='trash'
move (u'file1', u'file2', u'file3') to trash

1.6 输入密码

有时,在输入密码的时候,我们希望能隐藏显示。option 提供了两个参数来设置密码的输入:hide_input 和 confirmation_promt,其中,hide_input 用于隐藏输入,confirmation_promt 用于重复输入。

看看例子:

import click

@click.command()
@click.option('--password', prompt=True, hide_input=True, confirmation_prompt=True)
def input_password(password):
	click.echo('password: %s' % password)


if __name__ == '__main__':
	input_password()

执行情况:

$ python click_password.py
Password:                         # 不会显示密码
Repeat for confirmation:          # 重复一遍
password: 666666

由于上面的写法有点繁琐,click 也提供了一种快捷的方式,通过使用@click.password_option(),上面的代码可以简写成:

import click

@click.command()
@click.password_option()
def input_password(password):
	click.echo('password: %s' % password)

if __name__ == '__main__':
	input_password()

1.7 改变命令行程序的执行

有些参数会改变命令行程序的执行,比如在终端输入 python 是进入 python 控制台,而输入 python –version 是打印 python 版本。Click 提供 eager 标识对参数名进行标识,如果输入该参数,则会拦截既定的命令行执行流程,跳转去执行一个回调函数。 让我们看看例子:

import click

def print_version(ctx, param, value):
	if not value or ctx.resilient_parsing:
		return
	click.echo('Version 1.0')
	ctx.exit()

@click.command()
@click.option('--version', is_flag=True, callback=print_version,
			  expose_value=False, is_eager=True)
@click.option('--name', default='Ethan', help='name')
def hello(name):
	click.echo('Hello %s!' % name)

if __name__ == '__main__':
	hello()

其中

  • is_eager=True 表明该命令行选项优先级高于其他选项;
  • expose_value=False 表示如果没有输入该命令行选项,会执行既定的命令行流程;
  • callback 指定了输入该命令行选项时,要跳转执行的函数;

执行情况:

$ python click_eager.py
Hello Ethan!

$ python click_eager.py --version                   # 拦截既定的命令行执行流程
Version 1.0

$ python click_eager.py --name Michael
Hello Michael!

$ python click_eager.py --version --name Ethan      # 忽略 name 选项
Version 1.0

我们除了使用 @click.option 来添加可选参数,还会经常使用@click.argument 来添加固定参数。它的使用和 option 类似,但支持的功能比 option 少。

1.8 彩色输出

在前面的例子中,我们使用 click.echo 进行输出,如果配合 colorama 这个模块,我们可以使用 click.secho 进行彩色输出,在使用之前,使用 pip 安装 colorama:

pip install colorama

看看例子:

import click

@click.command()
@click.option('--name', help='The person to greet.')
def hello(name):
	click.secho('Hello %s!' % name, fg='red', underline=True)
	click.secho('Hello %s!' % name, fg='yellow', bg='black')

if __name__ == '__main__':
	hello()

fg 表示前景颜色(即字体颜色),可选值有:BLACK, RED, GREEN, YELLOW, BLUE, MAGENTA, CYAN, WHITE 等;

bg表示背景颜色,可选值有:BLACK, RED, GREEN, YELLOW, BLUE, MAGENTA, CYAN, WHITE 等; underline 表示下划线,可选的样式还有:dim=True,bold=True等;

1.9 分级命令

@click.group()
def cli1():
	pass
	
@cli1.command()
@click.option('--project', help='project name')
@click.option('--input_dir', help='fastq location dir')
@click.option('--global_config', help='Global YAML configuration file specifying '
									  'details about the system (optional, defaults to installed bcbio_system.yaml)')
def run(project,input_dir,global_config):
   """run pipeline"""
   pass

@click.group()
def cli2():
	pass


@cli2.command()
def upgrade():
	"""upgrade programs"""
	pass


@click.group()
def cli3():
	pass


@cli3.command()
def install():
	"""install programs"""
	pass


main = cli = click.CommandCollection(sources=[cli1, cli2, cli3])

if __name__ == "__main__":
	main()

1.10 参数名支持多个名字

@click.option('--seq1','-seq1', help=u'序列1')
@click.option('--seq2','-seq2', help=u'序列2')
def compare(seq1, seq2):
    """run pipeline"""
    get_mut(seq1, seq2)

示例:

python /home/sam/project/BPKit/bpkit/tools/get_mutation.py compare --seq1 PAPELL --seq2 PELLGG

python /home/sam/project/BPKit/bpkit/tools/get_mutation.py compare -seq1 PAPELLGGPSVFLF -seq2 PELLGGPSVFLFPPKPKDTLMIS

二、讨论与报错

2.1 报错

UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 0x9c

原因:help中有中文

解决办法:

str = unicode(str, errors='replace')
或
str = unicode(str, errors='ignore')
或
import codecs
with codecs.open(file_name, "r",encoding='utf-8', errors='ignore') as fdata:

如果是Python3,则可以直接这么处理

@click.option('--pdbfile', help=u'输入中文')
@click.option('--resultdir', help=u'输出文件夹')

参考资料

药企,独角兽,苏州。团队长期招人,感兴趣的都可以发邮件聊聊:tiehan@sina.cn
个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn