切除引物–Bamclipper

之前切割引物用的是GATK的ClipReads,但分析数据的过程中发现,测序序列中跟引物序列匹配的部分也会被切换掉,为了
保证更好的切割测序结果中的引物,避免引入带入的测序错误,需要找一款更牛逼的工具。

一、Bamclipper介绍

Bamclipper是一款专门针对bam文件soft-clipping PCR反应的引物

官网:https://github.com/tommyau/bamclipper/blob/master/README.md

运行前先用samtools index my.bam 建立索引
同时要有samtools和parallel的存在
切掉引物后用igv来看,可以看到的确切掉了引物,但是为什么切以后文件大小变化了呢?

二、讨论

这个工具在用的时候折腾了一会,就在于,
必须向用samtools建立索引,我的bam文件也是有索引,但是索引的名字给改了
还有一点,这个程序必须要有parallel,多进程,你懂的

参考资料:

https://github.com/tommyau/bamclipper/blob/master/README.md

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