批量处理–perl单行运行

问题:当我们用trimmomatic来过滤数据的时候,它是没有办法像有的工具一样,输入文件为 包含各个输入文件名字,这样问题就来了,我如果有很多个样品,该如何一步命令来处理呢?

方法:

1) 用awk

2)或者perl -lne

ls * |perl -lne ‘print “jar .. $_ &”‘ |sh

3)echo也行

ls * |xargs -i echo java-jar …{} “&”|sh

一、perl单行运行

这里来介绍一下第二种方法:perl单行运行

替换:

提取信息:​

搜索

计算

二、我的案例

& 表示并行化运行

我的内存不够,所以只有去掉&

nohup sh work.sh & ; 在终端机后台工作,即使再次登录,命令还在执行

nohup sh work.sh ; 在终端机前台中工作

 

批量拷贝指定文件

参考资料:

Perl之单行命令特技

《批量处理–perl单行运行》有1个想法

  1. Sam, 又来请教你了。我安装java的时候,配置系统默认java 这步 一直不成功。也不知道原因。我java是放于/usr/java路径下。你能帮忙解答下吗 谢谢
    报错:[root@inode3 java]# sudo update-alternatives –install /usr/bin/java java /usr/java/latest/jre/bin/java
    ?挎.?..(alternatives)?..?.1.3.49.3 – ?.. (C) 1997-2000 Red Hat, Inc.
    ??GNU ?..璁稿.?..娆句?锛..杞.欢?.互琚..?卞.琛.€

    ?ㄦ?锛.lternatives –install
    [–initscript ]
    [–slave ]*
    alternatives –remove
    alternatives –auto
    alternatives –config
    alternatives –display
    alternatives –set

    ?..?.」锛.-verbose –test –help –usage –version
    –altdir –admindir

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