记录学习的历程,分享学习的总结

欢乐英雄

个人履历:

  • 2008.9~2012.6 东北林业大学 生物技术
  • 2012.9-2015.6 中国农业科学院 微生物(生物信息方向)
    从事宏基因组方面分析工作,具体见sina博客
  • 2015.7-至今  健路生物科技(苏州)有限公司 从事基因检测方面的工作

20 thoughts on “About

  1. 博主您好!这段时间看了您的文章收益匪浅!非常感谢您无私的分享~我接下来要做的方向涉及到甲基化测序后的分析~请问博主有这方面的经验吗?如果您有空~麻烦您写几篇这方面的文章可以吗?

  2. 博主,你好!又来向你请教问题了~
    我用QIIME assign_taxonomy.py 将我的otu序列分类,用的是默认的uclust方法:assign_taxonomy.py -i repr_set_seqs.fasta -r ref_seq_set.fna -t id_to_taxonomy.txt
    reference序列用的是silva数据库的104_release。
    结果发现其中一个otu给出的分类结果是:Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Bacillales;Planococcaceae;Planomicrobium;uncultured。该otu对应序列是:GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCAAAACTTTTAACTGATGCTTGCATCGACCTAAAGTTTTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATCAGAGGGGACAACACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGCATAATACAGAGAACCGCATGGTTCTTTGTTGAAAGGCGCTTCTGGTGTCGCTGATGGATGGACCCGCGGTGCATTAGCTAGACGGTGAGGTAACGGCTCACCGTGGCAATGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGAGAAGAACAGGAGCGATAGTAACTGCTCGCTCTTTGACGGTATCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT
    我用该序列单独在silva上比对,embl,greengenes,ltp,rdp,slv几种数据库给出的结果都是另外的一种微生物:Bacteria;Firmicutes;Bacilli;lactobacillales;Enterococcaceae;Catellicoccus,和QIIME给出的结果不一致。
    这个问题困扰我两天了,我很想知道为什么同样适用silva数据库作为参考,会给出截然不同的结果?
    希望你能帮我分析一下!多谢!!

    1. 你的问题应该是 otu代表序列通过qiime默认的方法获得的分类地位跟其他数据库获得不一样,是吧?我一般都没有用qiime自动生成的分类地位,而是把代表序列提出来,用RDP来知道代表序列的分类地位

  3. 博主你好,搜索R的时候无意间看到,点开惊喜到!原来也是学生物信息的。恩,我也是学生物信息的,本科也是生物技术。但是目前感到学业压力好大,生信、软件、编程各方面感觉力不从心,开始怀疑人生了都。看到你的博客,佩服,向你学习!

  4. 博主原来也在哈尔滨上过学 同一届的 非常佩服博主几年的硕士生涯中有如此多的积累 向你学习

  5. 博主,你在新浪博客上发表的博文http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102v2r5.html中的那本统计数,能否发我一份看看。谢谢了。
    邮箱:heavennew@126.com

  6. 同学你好,我是同校同级野生******的,想问两个问题:1.这个网站是你自己搭建的吗;2.你有没有用metavelvet跑过多插入片段文库的数据,(ps:我现在用的是多插入片段文库,最后一步metavelvet并不能生成contig.fa,我想知道是设置的问题还是数据的问题)。以上,多谢。邮箱账号是qq账号,方便的话可以直接qq交流。谢了。

  7. 看你的博客收获很大。为你点赞!研究生第一年,刚刚学习生物信息方面的知识,问一下博主有没有好的建议和方法?

  8. 博主,您好!我也做16S,ITS,固氮菌,现在还有半年左右毕业,在自学这些东西,看了您的博客受益匪浅。
    最近遇到一个问题想请教下您:
    assign_taxonomy.py -m rdp -i /home/data/nonchimerasdata/otu1_0.97/otu_reps.fasta -c 0.8 -r /home/data/16s123.1/SILVA_123.1_SSURef_Nr99_tax_silva.fasta -t /home/data/16s123.1/taxmap_slv_ssu_ref_nr_123.1.txt -o /home/data/nonchimerasdata/otu1_0.97/assign_taxonomy –rdp_max_memory 50000 &
    [1] 7835
    Traceback (most recent call last):
    File “/usr/bin/assign_taxonomy.py”, line 417, in
    main()
    File “/usr/bin/assign_taxonomy.py”, line 394, in main
    log_path=log_path)
    File “/usr/lib/python2.7/site-packages/qiime/assign_taxonomy.py”, line 855, in __call__
    taxonomy_file, training_seqs_file = self._generate_training_files()
    File “/usr/lib/python2.7/site-packages/qiime/assign_taxonomy.py”, line 895, in _generate_training_files
    seq_id, lineage_str = map(strip, line.split(‘\t’))
    ValueError: too many values to unpack

    [1] + 7835 exit 1 assign_taxonomy.py -m rdp -i -c 0.8 -r -t -o –rdp_max_memory 50000
    在这之前报错说rdp没有装,所以我按照官网说明安装了2.2版本,添加了PATH(如果安装 不成功应该 会报错吧),安装了之后又报这个错了。

  9. 您好!您可以简单谈一下您的学习历程么?我目前大三,华中农业大学生物科学专业,目前在生物信息实验室,之前没有数学建模和计算机语言学习经历,想请教一下您是如何从生物技术转向生物信息的?有什么心得和方法么?非常谢谢您!

  10. 博主,有个问题请教您,
    手上有某个物种Genome的fasta序列(自测序),还有该物种的mRNA和其对应的GTF文件(分析得到),请问如何找该物种的lincRNA,谢谢指导!

  11. 东西比较多,做好是再加一些软件的使用方法和简介就好啦,比如:BWA,Bowtie/Bowtie2,santools等Linux系统的使用

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