5.2 bioperl的安装

bioperl就是相当于一个大柜子,里面有各种关于生物信息分析的perl脚本,功能非常强大。但是由于不是一个安装包,可以一键安装,所以安装的过程有点点麻烦。作为一个专注于生物信息分析的人士,有必要下一个这个东西来摆摆谱。

检验是否安装了bioperl的两种方法:

  1. 在终端。输入以下命令:perldoc Bio::SeqIO或 perldoc Bio::SearchIO
  2. 运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了

网上有这样的几种安装方法:

1.sudo apt-get install bioperl (ubuntu里貌似有源)

2 用CPAN

perl -MCPAN -e shell
cpan>d /bioperl/
cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz (选择其中的一个)
或者是cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz(force强制安装,不会报错)  

接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes],或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一 下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了

这两种方法我都没有成功

还有一点我要说一下,用cpan安装的是buddle-bioperl,只是bioperl常用的部分。完整的bioperl还是需要去官网上下载

同时如果所有的方法都不行的话,你还可以用cpan对要用到的模块进行单独的安装,

1、确定cpan能用。

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q

2、升级cpan,保证安装的模块是最新的。

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换,计算序列长度,blast信息提取等),中间会有些选项要求选择,一路回车采用默认的就行了。

cpan>install Bio::SeqIO

4、安装SeqFeature模块(序列特征信息的获取或解析)。

cpan>install Bio::SeqFeature

5、安装GenBank模块

cpan>install Bio::GenBank

6、安装AlignIO和AlignI模块(数据格式格式转换)。

cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI

7、安装DNAstatistics模块(序列统计分析,进化距离计算)。

cpan>install Bio::DNAstatistics

3.下载最新的版本来安装

前准备:

首先确保你是安装了perl,且版本在5。8以上,通过perl -version可以查看

1>确定cpan能用

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q

2>升级cpan,保证安装的模块是最新的.

同时module::build是辅助模块,它的安装依赖于其他模块,所以先安装这些模块

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

3>下载最新版本的bioperl

下载地址:http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl(我选择的是1.6版)

>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz
>cd BioPerl-1.6.0
>perl Build.PL
>./Build test
>./Build install

因为安装的过程中发现我没有权限 所以只有

>cd BioPerl-1.6.0
>perl Build.PL  --install_base /sam/bioperl
>./Build test
>./Build install

最后呢

我还修改一下bioperl模块下载地址

1>先安装local::lib模块

在cpan上搜索,下载,解压缩

cd ../locallib
perl Makefile.PL
make install

2>修改cpan下载地址

cpan
cpan > o conf makepl-arg INSTALL_BASE=/sam/boperl/biolib/lib/perl5
     >o conf mbuil-arg "--insatll_base /sam/biopel/lib/perl5"
     >o conf commit

参考网页:

ps:

  1. 安装过程中,最大的问题就是权限问题,因为cpan工具默认把模块安装到与perl解析器相同的目录,但你可能没有往这个系统写文件的权限,所以导致有的时候安装不上。
  2. 这么下来,我再用上面提到的两种方法一检验,我自己都不知道我的是否安装上,有待以后的考证。 分享:
个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题:

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