Trimmomatic对raw reads的过滤

Trimmomatic是一个针对 Illumina高通量测序的reads trim的工具。既能够针对paired-end 也能弄single ended。它能够利用FASTQ文件(phred + 33 或者是phred + 64 碱基质量格式,取决于Illumina测序的机器)。对于single-ended,一个输入文件和一个输出文件,加上参数。对于paired-end数据,两个输入文件,4个输出文件,分别为2个是’paired’,2个是’unpaired’(一个为forward的,一个为reverse的)

         Trimmomatic用两种策略来去除adapter:
simple trimming是利用每一个adapter序列去跟reads匹配,如果匹配上,就删除read的这部分序列。
Palindrome trimming 是在adapter序列中reading through一个短的片段。在这个方法中, 相应的adapter序列在硅片上的连接被连接到了reads的开始,形成了adapter+read序列,正链和反链比对,如果比对显示read-through,正链剪切掉adapter,反链去掉(由于它没有包含新的数据)

Trimmomatic它包括如下功能:

 下载地址:

使用例子:

讨论:

1.这么知道我的reads是-phred33,还是-phred64?
Fastq格式–phred33/64
我的是64。

2.如果我是PE测序,我有两分别针对的adapter,我是否需要将这两个adaper合并为一个?
需要。

3.是否可以批量处理?

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