一、简介

官网:https://vcftools.github.io/index.html

说明: http://vcftools.sourceforge.net/perl_examples.html

教材: http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

  • Filter out specific variants
  • Compare files
  • Summarize variants
  • Convert to different file types
  • Validate and merge files
  • Create intersections and subsets of variants

二、案例

语法:

常用例子:

1.提取压缩的vcf中MT染色体上所有的位点的频率 vcftools –gzvcf

2.去掉vcf中inde,并形成新的vcf vcftools –gzvcf

2.提取vcf中某个样品的信息 vcftools –gzvcf

如果不加–recode,会报错Keeping individuals in ‘keep’ list

3.提取某个区间的信息 vcftools –gzvcf

-bed

–exclude-positions

3.合并vcf
样本的合并:

几个样本的合并,每个样本占有一列
位点的合并(可以多个样本的合并)

4.depth的计算

计算每个位点每个样本的测序深度

 

5.所有位点,用Annovar注释,然后提取

 

三、报错

1.tabix不能建立index

tabix -l NA14624-100-1_gatk-ug.vcf 报错:Could not load .tbi index of NA14624-100-1_gatk-ug.vcf

tabix -p vcf NA14624-100-1_gatk-ug.vcf 报错: Not a BGZF file

解决办法:

 

参考资料:

。。。

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