7.1 批量下载微生物基因组
一、如何批量从NCBI下载微生物基因组
基因组概况
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/#!/overview/
基因组下载列表
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/
所有微生物基因列表:
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt
原核生物基因组列表 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/prokaryotes.txt
二、我的操作:
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt -O bacteria_assembly_summary.txt
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/archaea/assembly_summary.txt -O archaea_assembly_summary.txt
cat bacteria_assembly_summary.txt archaea_assembly_summary.txt > assembly_summary.txt
将第20列的链接改一下:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/624/755/GCA_900624755.1_81E7
改为
三、参考资料
