4.3.2 qiime2拆分数据

序列质量评估

qiime demux summarize \
  --i-data fmt-tutorial-demux-1.qza \
  --o-visualization demux-summary-1.qzv

qiime demux summarize \
  --i-data fmt-tutorial-demux-2.qza \
  --o-visualization demux-summary-2.qzv

查看质量评估结果,用于确定下步质控的参数

qiime tools view demux-summary-1.qzv
qiime tools view demux-summary-2.qzv

查看可视化评估结果,也可下载qzv文件,使用 view.qiime2.org 打开查看,或直接打开作者在线预计算好的结果。

https://view.qiime2.org/?src=https%3A%2F%2Fdocs.qiime2.org%2F2017.6%2Fdata%2Ftutorials%2Ffmt%2Fdemux-summary-1.qzv

问题:从上图中我们判断选择质控的参数是什么?

序列上游13 bp的序列质量偏低,设置trim-left 13截掉前13bp序列;整体150bp的质量都不错,则保留150 bp的序列长度

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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