4.3.4 qiime2进化树多样性分析

生成树以进行系统发育多样性分析 Generate a tree for phylogenetic diversity analyses

QIIME支持多种系统发育多样性指标,包括Faith的系统发育多样性以及加权和未加权UniFrac。除了每个样本的特征计数(即FeatureTable [Frequency] QIIME artifact )之外,这些指标还需要一棵植根的系统树,将特征相互关联。该信息将存储在系统发育的QIIME 2 artifact中。为了生成系统树,我们将使用q2-phylogeny插件中的align-to-tree-mafft-fasttree。

  1. 首先,管道使用mafft程序对FeatureData [Sequence]中的序列执行多序列比对,以创建FeatureData [AlignedSequence] QIIME 2 artifact。
  2. 接下来,管道将遮罩(或过滤器)对齐以除去高度可变的位置。通常认为这些位置会给生成的系统发育树增加噪音。
  3. 然后,管道应用FastTree从屏蔽的对齐中生成系统发育树。 FastTree程序会创建无根树,因此在本节的最后一步中,将使用中点生根将树的根放置在无根树中最长尖端之间距离的中点。

命令行

qiime phylogeny align-to-tree-mafft-fasttree --i-sequences rep-seqs.qza  --o-alignment aligned-rep-seqs.qza  --o-masked-alignment masked-aligned-rep-seqs.qza  --o-tree unrooted-tree.qza   --o-rooted-tree rooted-tree.qza

输出结果:

  • aligned-rep-seqs.qza
  • masked-aligned-rep-seqs.qza
  • rooted-tree.qza
  • unrooted-tree.qza
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