4.2 qiime2的物种分类库

有Greengenes(16S rRNA)和Silva(16S/18S rRNA)

一、直接下载

如果引物是 515F/806R,可以直接下载相应的库,https://docs.qiime2.org/2020.6/data-resources/

二、自己构建

引物序列

341F:5'-3'      CCTAYGGGRBGCASCAG
806R:5'-3'    GGACTACNNGGGTATCTAAT

数据地址:

https://docs.qiime2.org/2020.6/data-resources/

下载:

cd /home/sam/anBank/data_analysis/16s_pipeline/database
wget -c https://data.qiime2.org/2020.6/common/silva-138-99-seqs.qza  #序列文件
wget -c https://data.qiime2.org/2020.6/common/silva-138-99-tax.qza   #物种分类信息

根据引物,提取参考序列 Extract reference reads

qiime feature-classifier extract-reads --i-sequences silva-138-99-seqs.qza --p-f-primer CCTAYGGGRBGCASCAG --p-r-primer GGACTACHVGGGTWTCTAAT --o-reads silva-138-99-seqs-341-806.qza  --p-n-jobs 2 

基于序列和物种信息,构建库

qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes --i-reference-reads silva-138-99-seqs-341-806.qza --i-reference-taxonomy silva-138-99-tax.qza --o-classifier silva-138-99-seqs-341-806_classifier.qza

预测:

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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