【3.1.3】mview多序列比对图

一、安装

wget -c https://sourceforge.net/projects/bio-mview/files/bio-mview/mview-1.67/mview-1.67.tar.gz
tar xvzf mview-1.67.tar.gz
cd xvzf mview-1.67

perl Makefile.PL INSTALL_BASE=/usr/local  #/usr/local是安装路径,
make install

添加环境变量:

vim /etc/profile
export PERL5LIB="${PERL5LIB}:/usr/local/lib/perl5"

二、使用

输入类型:

Sequence database search: BLAST, FASTA suites.
Multiple sequence alignment: CLUSTAL, HSSP, MSF, FASTA, PIR, MAF.

输出:

HTML, FASTA, CLUSTAL, MSF, PIR, RDB (tab-separated).

参数说明:

/data/software/mview-1.67//bin/mview --help

Input/output formats:
  -in format            Input {blast,uvfasta,clustal,fasta,pir,msf,plain,hssp,maf,multas,mips,jnetz}.
  -out format           Output {pearson,fasta,pir,plain,clustal,msf,mview,rdb}. [mview]

三、使用示例

/data/software/mview-1.67//bin/mview -in clustal -html head -css on -coloring any final_designs.fa.aln  -coloring mismatch -ref 8 > data2.html

说明:

  • -coloring mismatch # 将Mismatch进行颜色标记
  • -in clustal #输入为clustal比对的结果
  • -css on #字母有背景色,也可以输入制定的css
  • -coloring option which takes five modes: any, identity, mismatch, consensus, group
  • -ref 8 #指定第8行为参比序列

这个功能非常强大,更多功能介绍参见: https://desmid.github.io/mview/manual/manual.html

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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