【1.1.2】jellyfish--kmers统计

JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Hash 表来存储数据,同时能多线程运行,速度快,内存消耗小。该软件只能运行在64位的Linux系统下。其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上。

一、安装

wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.3.0/jellyfish-2.3.0.tar.gz tar -xzvf jellyfish-2.3.0.tar.gz cd jellyfish-2.3.0 ./configure # –prefix=$PWD make -j 4 make install

安装位置:/usr/local/include/jellyfish-2.3.0/jellyfish

更多用法,整理来自:https://www.csdn.net/tags/MtTaEgzsNTk2NDE2LWJsb2cO0O0O.html

参考资料

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