【2.4】序列拼接-spades

一、 SPAdes 简介

SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装,当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sanger reads,也可以把一些 contigs 序列作为 long reads 进行输入。该软件可以同时接受多组 paired-end、mate-pairs 和 unpaired reads 数据的输入。同时该软件有一个独立的模块用于进行杂合基因组的组装。 文献:Bankevich A, Nurk S, Antipov D, et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing[J]. Journal of Computational Biology, 2012, 19(5): 455-477.

二、安装

http://cab.spbu.ru/software/spades/

cd /data/user/sam/project/meta/src
wget -c http://cab.spbu.ru/files/release3.14.1/SPAdes-3.14.1-Linux.tar.gz
tar xzvfm SPAdes-3.14.1-Linux.tar.gz

三、参数介绍

/data/user/sam/project/meta/src/SPAdes-3.14.1-Linux/bin/spades.py  --help

四、我的案例

time /data/user/sam/project/meta/src/SPAdes-3.14.1-Linux/bin/spades.py -1 24_1.fq.gz -2 24_2.fq.gz -t 50 -m 500 -o singele_bin

t: 线程数 m: 最大内存(g)

五、报错

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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