【3.3.3】序列聚类(vsearch)

一、简介

这款软件对userach的一种替代。毕竟usearch 64位的是收费的,这款是免费的。

但这个软件不能用来处理氨基酸序列。。。

这个软件的功能比较多,日后再慢慢来研究

二、下载与安装

cd /data/software/vsearch/
wget https://github.com/torognes/vsearch/archive/v2.15.1.tar.gz
tar xzf v2.15.1.tar.gz
cd vsearch-2.15.1
./autogen.sh
./configure
make
make install  # as root or sudo make install

报错1: autoreconf: command not found

解决办法:

yum install autoconf automake libtool

报错2:

./vsearch: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by ./vsearch)
./vsearch: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by ./vsearch)

解决办法:

yum install libstdc++.x86_64

[root@g02 vsearch-2.15.1]# find / -name "libstdc++.so*"
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.2/32/libstdc++.so
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.2/libstdc++.so
/usr/lib64/libstdc++.so.6
/usr/lib64/libstdc++.so.6.0.19
/usr/share/gdb/auto-load/usr/lib64/libstdc++.so.6.0.19-gdb.py
/usr/share/gdb/auto-load/usr/lib64/libstdc++.so.6.0.19-gdb.pyc
/usr/share/gdb/auto-load/usr/lib64/libstdc++.so.6.0.19-gdb.pyo
/usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.27
/usr/local/lib64/libstdc++.so.6
/usr/local/lib64/libstdc++.so
/usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.27-gdb.py
/usr/local/cuda-10.1/NsightSystems-2019.3/Host-x86_64/libstdc++.so.6


[sam@g02 lib64]$ ll /usr/lib64 |grep libstdc
lrwxrwxrwx   1 root root       19 Jan 13 15:04 libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19
-rwxr-xr-x   1 root root   995840 Sep 30 10:17 libstdc++.so.6.0.19

cd /usr/lib64
rm libstdc++.so.6

cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.27 ./
ln -s libstdc++.so.6.0.27 libstdc++.so.6

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC

三、 使用说明

聚类参数:

vsearch (--cluster_fast | --cluster_size | --cluster_smallmem | --cluster_unoise) fastafile (--alnout |
--biomout | --blast6out | --centroids | --clusters | --mothur_shared_out | --msaout | --otutabout |
--profile | --samout | --uc | --userout) outputfile --id real [options]

参考示例

/data/software/vsearch/vsearch-2.15.1/bin/vsearch  --cluster_smallmem fastafile -d 0.93  --uc outputfile

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

Sam avatar
About Sam
专注生物信息 专注转化医学