centos7安装openbabel

OpenBabel是一款知名的化学文件格式转换程序,可以在http://sourceforge.net/projects/openbabel/ 免费下载。如果你是CentOS的用户,可以用yum install epel-release命令添加EPEL源之后用yum install openbabel命令直接装上。OpenBabel的还可以做基于力场的几何优化、加氢/去氢、合并/拆分文件、相似性对比、结构排序/对齐等。OpenBabel可以基于SMILES字符串通过CORINA算法快速、近似产生分子三维结构,因此只要把取代苯的SMILES字符串构建出来,即可通过OpenBabel得到三维结构。当然,这样得到的三维结构是很粗糙的,但作为像样的方法做几何优化的初猜结构是足够的。

一、安装

1.1 下载安装

下载地址: https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/

cd /data/software/openbabel/
wget -c https://jaist.dl.sourceforge.net/project/openbabel/openbabel/2.4.1/openbabel-2.4.1.tar.gz

tar -zxvf openbabel-2.4.1.tar.gz 

mkdir build; cd build
cmake ../../openbabel-2.4.1  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/data/software/smina/library/openbabel-2.4.1   #指定安装路径

make 
make instal

1.2 环境变量(并未设置)

vi ~/.bashrc

#openbabel

export OPENBABEL=/data/software/smina/library/openbabel-2.4.1
export PATH=${OPENBABEL}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${OPENBABEL}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

source ~/.bashrc

环境变量这一步一定只需要更改/home/shims/install/openbabel到你自己的目录即可。

1.3 测试

which babel

~/install/openbabel/bin/babel

babel -H

Open Babel converts chemical structures from one file format to another

二、用法

首先去OpenBabel官网下载安装包然后安装。安装后就可以在操作系统的命令行模式下(对于Windows指的是cmd或powershell)直接通过obabel命令调用了。虽然此程序也有图形界面,但用着还不如命令行模式方便。此程序的常用命令在这里有介绍: https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/Command-line_tools/babel.html

把上一节自写的程序产生的subben.smi放到当前目录下,在命令行模式下输入

obabel subben.smi -O out.pdb --gen3d -m

马上就在当前目录下产生了out1.pdb、out2.pdb … out20.pdb,这就是20种取代苯结构了。命令行中的–gen3d代表自动产生三维结构,-m代表进行拆分。

产生的这些结构可以拖到VMD中,然后用Extensions - Visualization - Multiple Molecule animation轮回显示,如下所示

。。。

如果你想在产生三维结构的时候顺带通过MMFF94高精度有机小分子力场进行优化,那么运行以下命令即可,所得的pdb文件里的结构就都是优化过的了。

obabel subben.smi -O out.pdb --gen3d -m --minimize --ff MMFF94

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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