CallVariant

• 一、前处理
• 二、call
• 3.5 germine
• 3.6 somatic (varscan、MuSE、MuTect、SomaticSniper、Strelka等)
• 三、提取
• 四、注释
• 五、模拟
• 六、新抗原

总篇数：21

• 2022/10/16   【2.1.1】Somatic与Germline 变异检测
• 2017/03/24   【2.2】GATK
• 2017/02/13   【2.1.2】reads mapping and variants calling
• 2017/06/26   【2.3】NGS质控常用的几个参数
• 2022/10/14   【2.3.1】CNVkit
• 2022/10/15   【2.3.2】Control-FREEC检测拷贝数变异
• 2017/04/08   【3.1】VCFtools
• 2016/01/04   【3.2】samtools 和 bcftools call snp
• 2022/10/08   【3.3】bam-readcount
• 2022/10/22   【3.6.1】使用Strelka进行体细胞突变分析
• 2022/10/09   【3.4.1】bgzip与tabix解决内存不足问题
• 2022/09/14   【4.1】Ensembl Variation 突变类型
• 2017/06/28   【4.1】ACMG检验标准以及InterVar自动化实现
• 2017/02/06   【4.1.2】Annovar--位点注释
• 2017/02/13   【4.3】基于保守性和规则性的预测方法SIFT和PolyPhen
• 2022/09/13   【4.1.4】基因突变的功能注释--VEP
• 2022/10/20   【4.3.1】HLA分型工具--HLA-HD
• 2022/10/11   【4.3.1】HLA分型工具--OptiType
• 2017/02/20   【5.1】bamsurgeon--模拟突变的bam文件
• 2022/08/19   【6.1】nextNEOpi--新抗原的预测
• 2022/10/18   【6.2】pvac--新抗原的预测