CallVariant
- 一、前处理
- 二、call
- 3.5 germine
- 3.6 somatic (varscan、MuSE、MuTect、SomaticSniper、Strelka等)
- 三、提取
- 四、注释
- 五、模拟
- 六、新抗原
总篇数:21
- 2022/10/16 【2.1.1】Somatic与Germline 变异检测
- 2017/03/24 【2.2】GATK
- 2017/02/13 【2.1.2】reads mapping and variants calling
- 2017/06/26 【2.3】NGS质控常用的几个参数
- 2022/10/14 【2.3.1】CNVkit
- 2022/10/15 【2.3.2】Control-FREEC检测拷贝数变异
- 2017/04/08 【3.1】VCFtools
- 2016/01/04 【3.2】samtools 和 bcftools call snp
- 2022/10/08 【3.3】bam-readcount
- 2022/10/22 【3.6.1】使用Strelka进行体细胞突变分析
- 2022/10/09 【3.4.1】bgzip与tabix解决内存不足问题
- 2022/09/14 【4.1】Ensembl Variation 突变类型
- 2017/06/28 【4.1】ACMG检验标准以及InterVar自动化实现
- 2017/02/06 【4.1.2】Annovar--位点注释
- 2017/02/13 【4.3】基于保守性和规则性的预测方法SIFT和PolyPhen
- 2022/09/13 【4.1.4】基因突变的功能注释--VEP
- 2022/10/20 【4.3.1】HLA分型工具--HLA-HD
- 2022/10/11 【4.3.1】HLA分型工具--OptiType
- 2017/02/20 【5.1】bamsurgeon--模拟突变的bam文件
- 2022/08/19 【6.1】nextNEOpi--新抗原的预测
- 2022/10/18 【6.2】pvac--新抗原的预测