【6.5】根据坐标提取序列(samtools/fastacmd)

方法一:网页版

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg38/dna?segment=chr17:82316360,82316389

方法二:samtools

cd /data/database/genome/hg38
wget -c http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz

#建立index
samtools faidx hg19.fa

#提取坐标序列
samtools faidx hg19.fa chr1:12953463-12953463

方法三 fastacmd

target_seq = '%s -d %s -p F -s "lcl|%s" -L%s,%s' % (
fastacmd, genome, chrom, start, end)
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