分子动力学

一、基本概念
二、amber
三、GROMACS
3.1 安装
3.2 具体例子
3.3 相关文件和参数
3.4 一些有用的命令
四、schrodinger
六、文件格式
七、自由能

总篇数：36

2019/11/24 【1.1】分子动力学概述
2019/11/16 【1.4】单精度与双精度（precision-arithmetic）
2019/12/05 【2.0】amber的安装
2019/11/27 【2.1.1】LEaP的基础
2019/11/27 【2.1.2】AMBER分子动力学模拟
2019/12/14 【2.1.5.1】VMD看amber结果
2019/12/06 【2.5.1.1】MM-PBSA
2019/12/08 【2.5.1.2】计算蛋白-蛋白的结合自由能
2019/12/09 【2.5.1.3】计算蛋白-配体的结合自由能
2019/12/10 【2.5.1.4】计算蛋白突变后的结合自由能变化
2019/12/10 【2.5.1.5】并行计算蛋白蛋白结合自由能
2019/12/11 【2.5.1.6】使用正态模式分析（Nmode）计算雌激素受体和雷洛昔芬复合物的熵
2019/11/30 【2.5.2】amber使用热力学积分进行pKa计算
2019/12/12 【2.5.3】amberTI介绍(thermodynamic integration)
2019/12/13 【2.5.3.2】amberTI结果分析
2019/11/26 【2.9.1】AMBER分子动力学简例（amber8?）
2020/12/09 【3.1】gromacs的安装
2020/12/10 【3.2.1】gromacs教程--水中的溶菌酶
2020/12/11 【3.2.2】gromacs教程--蛋白质配体
2020/12/12 【3.2.6】gromacs教程--自由能
2020/12/13 【3.3】gromacs各种文件格式
2020/10/22 【3.3】gromacs操作心得
2020/12/14 【3.3.2】gromacs常见水分子模型
2020/10/24 【3.3.3】gromacs力场
2020/10/23 【3.3.4】gromacs朗格文动力学(Langevin Dynamics)
2020/10/21 【3.3.5】gromacs的Restraint和Constraint
2020/10/20 【3.3.5】gromacs的隐式溶剂模型和GB模型
2020/10/19 【3.3.7】gromacs参数文件
2020/10/18 【3.4.1】Gromacs重启模拟计算
2020/10/17 【3.4.2】Gromacs多链模拟
2020/10/16 【3.4.3】Gromacs能量输出文件的处理--eneconv
2020/10/15 【3.4.4】Gromacs系统结构编辑--editconf
2020/10/14 【3.4.5】gromacs读取二级结构信息do_dssp
2020/10/13 【3.4.6】gromacs的GMX
2020/11/17 【7.1】药物发现中炼金术自由能方法的发展
2020/11/18 【7.2】活性药物发现项目中结合自由能计算的大规模评估