【3.4.3】Gromacs能量输出文件的处理--eneconv

(GMX.5 eneconv)

GMX 分子模拟,有一个非常重要的能量输出文件,即 edr 文件。eneconv 就是对 GMX 能量输出文件进行处理的程序。

一 个模拟可以分对次进行,于是得到很多 edr 文件。使用 eneconv 的 “ -f ” 参数,然后把这些能量文件罗列出来,那么就可以对这些能量文件进行合并,输出一个完整的能量文件。如果另个能量文件中有重复的模拟步骤,那么后一个读入的 能量文件将覆盖前一个文件。也可以使用 “-settime”

参数对每一个输入文件的开始时间进行设置,以免互相覆盖。如下就是一个程序运行例子:

eneconv -o fixed.edr -f *.edr

即对当前目录下所有 edr 文件进行合并,然后输出为 fixed.edr文件。 当用 “ -f ” 参数读入单一一个能量 edr 文件时,也不是没有用,可以和其他参数配合,对能量文件进行编辑, 如 “ -dt ” 参数可以设定对原来能量文件进行规定时间间隔输出到新能量文件中;“ -offset ” 参数设定写出输入能量文件的时间帧(从哪一个模拟时间开始写入新的能量文件)等。这些参数,还有上面说到的 “-settime” 参数,都可以一起使用,加上 “-b” 和 “-e” 设定开始和结束读取模拟时间帧,就能得到新的称心如意的新能量文件。

程序输入文件:

-f:
输入能量文件,即 edr 文件。
-o:
输出文件,也是 edr 文件。

其他参数:

-b:
设定从哪一个模拟时间帧对输入文件进行读取。
-e:
设定从哪一个模拟时间帧对输入文件结束读取。
-dt:
设定输出文件的模拟时间间隔,比如 “-dt 10” 表示每 10ps 输出一次。
-offset:
设定从哪一个时间帧开始输出到新的能量文件中。
-settime:
交换式设定每一个输入文件在新输出文件中的开始时间。
-sort:
自动排序输入文件。
-scalefac:
该参数输入为一个实数,程序会将能量文件中的每一个能量项乘以这一个实数。
-error:
如果输入文件中有错误,程序自动退出。

注意:新的输出文件中,只有能量项是正确的,用于统计的 sigma 和 E^2 并没有更新,所有需要使用其他工具,如 g_analysis 进行新的统计

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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