【3.4.6】gromacs的GMX

GMX.1 参数概述

根据GMX手册预告,所有GMX的程序都有6个标准参数,其中有的是隐藏的(参数太多,吓死人)。此六个参数及其作用罗列如下:

-h:
在屏幕上打印该GMX程序的帮助信息,并退出程序。就是不使用这个参数,任何GMX程序运行时,都会打印很多信息,包括GMX的软件消息,简短的协议,还有各个参数的输入等。
-hidden:
打印隐藏的命令参数。
-quiet:
打印尽可能少的信息,所有参数输出被忽略,所以很quiet。
-man:
以指定文件格式,打印程序的手册到指定文件中。支持的文件格式有html, tex, nroff, acsii, completion, py 和 xml. (真怀疑开发人员怎么不被这么多文件格式给烦死,牛人。)
-debug:
输出程序的调试信息。这个对终端用户不是很有用,输出文件一般为core加一串数字。
-nice:
设置程序的优先级。一般忽略,相信聪明可爱的计算机。

以下为GMX一些其他介绍:

1、GMX编译过程中,如果使用Motif或者Lesstif图形包,那么可以使用 -X 参数得到一个编辑各个参数输入的图形界面。如果没有使用以上图形包,使用该参数会报错。

2、在SGI-IRIX系统上编译的GMX,可以使用 -npri 参数设定无阻塞(non-blocking)优先级。

3、可选参数的如无指定文件,那么就不会有输出文件(不然垃圾文件太多)。但是必选参数的输出文件一定会输出,如果指定按照默认文件明输出。

4、所有的GMX程序都接受无文件后缀名的文件,并自行补全文件名。如果不指明输入文件命,程序会自动在当前目录下搜索默认文件名。如果有多个同名不同文件类型的输入,那么第一个支持类型文件会被使用。(相信很多人一般不至于懒惰到这个程度,连个文件名都不给人家程序。)

5、几乎所有GMX程序(不包括 mdrun、nmrun 和 eneconv)都会先检查输入参数是否合法(重复参数等),如出错程序自动退出。

6、枚举参数(enum)必须为指定类型之一。

7、矢量输入必须文一个或者三个数值,如果指定一个数值,那么其他两个与指定数值一致。

8、多数GMX程序都可以使用 -tu 参数来指定时间单位,如 ps、fs、ns等等。这个多数应用与分析输出,成图等。

9、所有GMX程序可以直接读取 g-zipped 压缩文件,xtc、trr 和 trj 等压缩轨迹文件可能会报错,建议只打包不压缩。

10、大多数GMX程序可以处理比输入文件中原子数少的轨迹文件(轨迹文件中原子数目少于输入文件),但是必须保重轨迹文件中的原子处于输入文件的开头(即轨迹文件中没有的原子在输入文件尾端)。(这个貌似很容易产生歧义,语文没学好,见谅!) 造成这个的原因是GMX系统中,输入文件中所有原子按照序号进行,只有一个数字,没有名称。

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