【3.3.5】gromacs的Restraint和Constraint

在分子模拟中,这两个词都表示限制,但是意义不同。通俗点讲,

  • 受到 Restraint 的分子或原子原则上可以运动;
  • 受到 Constraint 的分子原子原则上不能运动。

Restraint 通常的实现方法是给目标施加一个弹性势能,当目标偏离平衡位置时,弹性势能使目标恢复到平衡位置。Constraint 则直接使目标固定住,则施加无限大的弹性势能。

在 MD 软件如Gromacs中,Restraint 定义的弹性势能直接施加到指定原子上,并在 pores.itp 文件中列出。当 MDP (Molecular Dynamics Parameters) 文件使用关键字 “define = -DPOSRES” 时,引用该 pores.itp 文件。 Constraint 的实现则在MPD文件中定义 ”freezegrps “ 关键字,把需要进行 Constraint 的分子或原子直接添加到关键字中。

BTW: GMX 中 Restraint 和 Constraint 都具有方向性,即限制可以在某一个方向上实现。其他模拟软件雷同。

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