【5.2】ARC-seq

sam点评:

核心思想就是: RNA反转录前加barcode, PCR之前再加barcode。 问题: 为什么这个技术没有推广呢? 加barcode能均一么?

我们开发了一种高度准确的 RNA 测序方法,可有效消除由于逆转录、PCR 和测序错误而导致的伪影。ARC-seq 代表了对以前方法的重大进步。

  1. 首先,该方法本身尽可能使用低温、中性溶液和短时间孵育,从而最大限度地减少对限制其他方法的 RNA 模板的损害 ( 28 , 29 )。
  2. 接下来,它以高产率可靠地从每个 RNA 分子生成多个 cDNA 拷贝,这比先前受到低产率显着限制的尝试有了显着进步(25)
  3. 在开发 ARC-seq 时,我们推断通过每个 RNA 分子生成多个 cDNA 拷贝,我们可以显着减少逆转录、PCR 和测序错误。在生成和测序每个原始 RNA 分子的多个 cDNA 拷贝之前,我们使用分子条形码策略来唯一识别每个 RNA 分子。此外,为了区分单个 RNA 分子的 cDNA 重复和单个 cDNA 拷贝的 PCR 重复,从而消除 PCR 错误,我们为每个 cDNA 分子引入了额外的索引序列。这种独特的组合能够消除由于 cDNA 合成、PCR 错误和测序错误而导致的伪影,从而揭示了原始 RNA 分子的序列。

参考资料

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