【9.4.1.1】Nextflow

一、安装

1.1 环境需求

• Nextflow可以用于任何POSIX兼容系统(Linux, OS X等)。它需要安装Bash 3.2(或更高版本)和Java 8(或更高版本，~15)。
• 在计算机集群中执行时，需要使用共享文件系统来共享任务输入/输出文件。
• 通过WSL支持Windows系统。（WSL：Windows Subsystem for Linux，即Windows下的子系统）

1.2 安装

Nextflow是作为自安装包分发的，这意味着它不需要任何特殊的安装过程。

1、通过在终端窗口中复制和粘贴下列命令之一来下载可执行包，命令如下：

curl -s https://get.nextflow.io | bash
或者
wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

安装完成(这里使用curl)

2、通过运行chmod +x nextflow在您的系统上创建二进制可执行文件。修改权限后配置到环境变量

更新和不同版本安装可参考 https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html

更换版本 （不同nextflow需要绑定到不同的java版本，java8 可以绑定 22.04.0 。 如果是23版本的话，就需要java11了。）

修改文件：

wget -c  https://get.nextflow.io 
mv index.html nextflow_install.bash

修改 nextflow_install.bash 中版本， 然后改成 22.04.0 一定要卡在这个版本 接着：

bash  nextflow_install.bash
mv nextflow_install.bash nextflow
chmod 777 nextflow

这个nextflow就可以用了

二、示例

第一个nextflow脚本

#!/xxx/bin nextflow
#  01-tutorial.nf
params.str = 'Hello world!'

process splitLetters {

    output:
    file 'chunk_*' into letters

    """
    printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_
    """
}

process convertToUpper {

    input:
    file x from letters.flatten()

    output:
    stdout result

    """
    cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]'
    """
}

result.view { it.trim() }

这个脚本定义了两个过程。

1. 第一个将字符串分割成6个字符的块，每个块以chunk_为前缀写入一个文件;
2. 第二个接收这些文件并将其内容转换为大写字母。结果字符串在结果通道上发出，最终输出由视图操作符打印。

执行命令:

nextflow run 01-tutorial.nf

结果如下

中间需要修改某些命令，执行过程中不会将所有流程都执行，只会在修改步骤及之后的地方重新执行，前面要使用到的文件都是调用缓存中的文件

#!/xxx/bin nextflow
#  02-tutorial.nf
params.str = 'Hello world!'

process splitLetters {

    output:
    file 'chunk_*' into letters

    """
    printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_
    """
}


process convertToUpper {

    input:
    file x from letters.flatten()

    output:
    stdout result

    """
    rev $x
    """
}

result.view { it.trim() }

重新执行命令

nextflow run 02-tutorial.nf -resume

执行结果

Pipeline参数 管道参数的声明只需在变量名前加上前缀params，由点字符分隔(如：params.str)。它们的值可以在命令行上指定，方法是在参数名称前加上一个双破折号，即–paramName

在本教程中，您可以尝试执行前面的示例，指定不同的输入字符串参数，如下所示:

nextflow run 01-tutorial.nf --str 'Bonjour le monde'

运行结果如下

Tip: 从20.11.0版开始。参数名称中的(.)字符被解释为分隔符或嵌套作用域，例如–foo.bar Hello将以params.foo.bar的形式从脚本中访问。如果你想要一个参数名包括(.)字符使用反斜杠字符转义，例如–foo.bar Hello

参考资料

• https://www.jianshu.com/p/1c2e37320f17