【2.1.2】DSSP

网页工具: https://www3.cmbi.umcn.nl/xssp/

一、安装与下载

1.1 安装需要配置环境:

Compiler:

  • Must support at least the c++ 11 standard.

System libraries:

  • libzeep version >= 3.0 (for mkhssp –fetch-dbrefs only)
  • libboost version >= 1.48
  • libz
  • libbz2
  • autoconf
  • automake
  • autotools-dev

1.2 安装

下载地址: https://github.com/cmbi/xssp/releases

wget -c https://github.com/cmbi/xssp/archive/3.0.9.tar.gz
tar -xzf 3.0.9.tar.gz
cd xssp-3.0.9

./autogen.sh
./configure
make

To build only one executable of the xssp project, e.g. mkdssp, type:

make mkdssp

To test the mkdssp executable type:

./mkdssp

To add the executables to /usr/local/bin type:

sudo make install

二、使用

/mkdssp -i 1crn.pdb -o 1crn.dssp

结果示例:

三、报错

3.1 安装的过程中报错

make的时候报错:

src/hssp-convert-3to1.cpp:698:90:   required from here
/usr/include/boost/range/end.hpp:50:26: error: ‘const struct boost::sub_match<__gnu_cxx::__normal_iterator<const char*, std::basic_string<char> > >’ has no member named ‘end’
             return c.end();
                          ^
make[1]: *** [src/hssp-convert-3to1.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/mnt/nfs/data/software/dssp/xssp-3.0.9'

报错不知道怎么解决,最后选择的是

make mkdssp

The source code for building the mkdssp, mkhssp, hsspconv, and hsspsoap programs is bundled in the xssp project. The DSSP executable is mkdssp.

四、文献原理说明

definition of secondary structure of proteins

为了成功地分析氨基酸序列与蛋白质结构之间的关系,对二级结构的明确且物理上有意义的定义至关重要。我们已经为二级结构开发了一套简单且具有物理动机的标准,该标准被编程为从X射线坐标中提取的氢键键合和几何特征的模式识别过程。合作的二级结构被认为是基本氢键模式“转折”和“桥”(“turn” and “bridge”)的重复。

  1. 重复的转折是“螺旋”(helices)
  2. 重复的桥是“阶梯”(ladders)
  3. 相连的梯子是“薄片”(sheets)。

几何结构是根据微分几何的扭曲和曲率( torsion and curvature)定义的。

  1. 局部链“手性”(chirality)是四个连续Cα位置的扭转惯性,对于右旋螺旋为正,对于理想的扭曲β-折叠为负。
  2. 弯曲的碎片(Curved pieces )定义为“弯曲”(bends)。
  3. 溶剂“暴露”是指可能与残疾接触的水分子数量。

最终结果是汇编了62种不同球蛋白的一级结构,包括SS键,二级结构和溶剂暴露。该演示呈线性形式:整体图的带状图和10.925残基的详细信息的带状表。该词典也可以以计算机可读的形式用于蛋白质结构预测工作。

五、讨论

。。。

参考资料

  • Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of ydrogen-bonded and geometrical features. Kabsch W and Sander C, Biopolymers (1983) 22, 2577-2637.
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