【3.4.1】核酸序列转变为氨基酸序列

想通过多序列比对，找出我基因组中某一条核酸序列跟其他已知蛋白的保守位点。因此，需要将我的核酸序列转化为aa序列，这种转变有6中情况，5‘-3’的3个frame,以及3‘-5’互补连的3个frame。

一、网页工具

核苷酸序列转换成氨基酸序列

http://www.tofms.org/calmw/NR2AA_wkh0.asp

https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_backtranseq/

核苷酸序列转换成氨基酸序列：

https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/

二、其他工具

简单的搜了一下可以用来完成要求的工具

1. 用Primer premier 5.0即可，你复制核算序列完成后直接点 DNA 旁边的PROTEIN即可.
2. DNAMAN或ORF finder可以做到。
3. BioEdit的方法：file→open打开你的核酸序列文件→点菜单中的sequence→点下拉菜单中的nucleotic acid→translate→选合适的frame，得到结果。
4. http://web.expasy.org/translate/ 。我选择的是这个网页版的工具。简单好用，输出格式我选的是Compact(“M”,”-”,no spaces),genetic code 选择的是standard，出来6种结果，然后都用到多序列比对中，不合适的5条删掉。
5. http://web.expasy.org/protparam/ ？？？

三、讨论

后来发现，其实用tblastn也能很快达到目的，

如果本地化，批量处理的的话，建议EMBOSS

参考资料

• http://bbs.bbioo.com/thread-164295-1-1.html
• http://www.dxy.cn/bbs/topic/4310545