【7.1.2】IMGT Colliers de Perles

当用于氨基酸序列图形表示时,表述“ Collier de Perles”,“ Colliers de Perles”受版权保护。 如果使用,请参阅Ruiz, M. and Lefranc, M.-P. (2002) .

IMGT Colliers de Perles [1]是免疫球蛋白(IG)和T细胞受体(TR)的V-区域,V-DOMAIN和C-DOMAIN, 以及主要组织相容性(MH)的G-DOMAIN,基于IMGT唯一编号的2D图形表示。保守的疏水氨基酸突出显示。

IMGT Colliers de Perles还适用于IG和TR以外的链条的V-LIKE-DOMAIN和C-LIKE-DOMAIN,以及MH以外的链条的G-LIKE-DOMAIN。

IMGT序列标准颜色说明: http://www.imgt.org/IMGTScientificChart/RepresentationRules/colormenu.php#CDR-IMGT

一、例子 Collier de Perles: house mouse (Mus musculus) IGHV

Legend:

  • 氨基酸以单字母缩写形式显示。
  • 超过50%的已分析IG和TR序列中给定位置处发现的疏水氨基酸(亲水指数为正值)和色氨酸(W)以蓝色显示。
  • 所有脯氨酸(P)均显示为黄色。
  • CDR-IMGT受正方形显示的氨基酸限制,该氨基酸属于相邻的FR-IMGT。 CDR3-IMGT从位置105延伸到位置117。
  • 基于3D结构的IMGT Colliers de Perles缺少位置可能是由于实验数据不完整所致。
  • 箭头指示beta sheets的方向及其在3D结构中的不同名称。如果实验数据不支持,则必须谨慎使用此信息。
  • CDR-IMGT区域的颜色如下:CDR1-IMGT(蓝色),CDR2-IMGT(绿色),CDR3-IMGT(绿色蓝色)。
  • C在23位(1st-CYS),W在41位(CONSERVED-TRP),保守的疏水性氨基酸字母在89位和C在104位(2nd-CYS)为红色。如果在这些关键位置发生氨基酸变化,该字母将保持红色。
  • 根据针对V-DOMAIN的IMGT唯一编号,带阴影的圆圈或正方形对应于丢失的位置(Lefranc等,2003 PMID:12477501 PDF)。

IMGT注意:

前导肽和V-REGION之间的蛋白水解切割位点是推定的,氨基酸1分配到一个或另一个区域的不确定性。

参考资料

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