【3.9.1】大样本肿瘤组织基因表达量分析的好工具--GEPIA

一、GEPIA简介

官网:http://gepia.cancer-pku.cn/index.html

GEPIA (Gene Expression Profiling interactive Analysis)用于分析RNA测序表达数据(包含来自TCGA和GTEx的 9,736 肿瘤样本和8587个正常样本,覆盖33种癌症)的网页工具

这个数据库可以分析有什么功能呢?

  1. 给一个基因,告诉你在所有肿瘤组织里面的表达情况,同时还展示其在癌和癌旁的表达
  2. 给一个基因,自动做生存分析
  3. 给一个基因,告诉你他的共表达基因,或者叫表达模式相似的基因
  4. 给两个基因,告诉你他在特定组织的相关性
  5. 可以做编码基因,也可以做非编码基因

该工具发表在知名刊物 Nucleic acids research上, 生成的图片是PDF格式的。 这个工具具有统计的科学性, 数据的更新程度等都做的比 较好,是分析TCGA数据的 推荐工具。

二、分析示范

http://gepia.cancer-pku.cn/

1.在这里直接输入基因名

2.点击Expression DIY之后,出现了四个工具,我们用到的最多的一类是Boxplot.

  • 蓝框中是可以进行的各类分析
  • 红框中是最有用的两个工具: Expression DIY (分析基因正常/癌旁的表达量) 以及Survival分析高低表达该基因的肿瘤病人的生存曲线。

3.表达分析

4.生存分析

生成的生存曲线图以及P值 点击红框可以下载图片的 pdf版本

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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