【5.5】人类mRNA与蛋白表达量查询相关的数据库--GTEx

人类大样本正常组织基因表达数据库 (The Genotype-Tissue Expression )

https://gtexportal.org/home/

在2017年,GTEx一次性在nature发表4篇研究成果,GTEx研究联盟的研究收集并研究了来自449名生前健康的人类捐献者的 7000多份尸检样本,涵盖44个组织(42种不同的组织类型),包括31个实体器官组织、10个脑分区、全血、两个来自捐献者血 液和皮肤的细胞系,作者利用这些样本研究基因表达在不同组织和个体中有何差异。

二、使用示例

1.输入基因的名称然后进行查询

  • 基因在各个组织中的mRNA表达量(大样本)
  • GTEx的出现很好地解决了许多肿瘤相关研究缺少足够多的正常组织对照的问题

3.下载

  • GTEx的数据可以下载到本地进行分析
  • 提供各个层级的数据供下载

参考资料

  • 沈倩诚 上海宇道生物技术有限公司 《实用肿瘤生物信息学讲座》
个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

Sam avatar
About Sam
专注生物信息 专注转化医学