【1.1】NCBI概述

NCBI (National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)于1988年11月4日建立,是NIH(美国国立卫生研究院)的NLM(国立医学图书馆)的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。 目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库,包括:PubMed, PubMed Central, and GenBank等。网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

一、任务

  1. 为储存和分析分子生物学、生物化学、遗传学知识创建自动化系统;
  2. 从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法,用于分析生物学上重要的分子和化合物的结构与功能;
  3. 促进生物学研究人员和医护人员应用数据库和软件;
  4. 努力协作以获取世界范围内的生物技术信息。

二、内容

1.文献数据库

包括:PubMed,PubMed Central,Books等

2.序列资源库

包括人,小鼠,果蝇,线虫等各种物种的基因组数据库

包含DNA,RNA,蛋白等各种类型的数据

如:SNP,GEO,SRA等

3.常用序列分析工具

  • Entrez – 数据挖掘的工文本条件查询工具(Text Term Searching) 来自于超过10万个种物的核酸和蛋白序列数据,连同蛋白三维结构,基因组图谱信息和文献信息检索 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/

  • BLAST – 序列比对工具

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

4.数据下载与上传

数据下载接口:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/

上传的工具有:Sequin,tbl2asn等,链接地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/data-software/

5.其他合作项目

我们比较常用的就是检索文献,检索序列,比对序列。了解更多内容可以参考官网手册:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK143764/

参考资料

https://baike.baidu.com/item/NCBI/3598184?fr=aladdin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK143764/

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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