【2】文献数据库-PUBMED

一、简介

PubMed 是拥有超过两百六十万生物医学文献的数据库。这些文献来源于 MEDLINE, 也就是生物医学文献数据库、生命科学领域学术杂志以及在线的专业书籍。他们大部分提供 全文链接。注意,提供的是链接,你有没有权限通过这个链接打开或者下载全文另当别论。 不管怎么说,看上去还不错。

PubMed 主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)上有个搜 索条。不管三七二十一,先把家说的 dUTPase 敲到搜索条里,点搜索。找到了五百多条文 献。每个文献有题目,作者,刊物,出版时间等等。如果列出的这些信息还不够,或者无法 满足你的要求,你从页面上方设置每个文献是要显示内容、总结、摘要,还是其他。还可以 控制每页显示几个文献,以及按照你期望的顺序进行排序。 如果找到的文献太多,一时看不完,可以把他们保存到本地。只要选中你要保存的文献, 然后通过发送按钮,选择文件,再选择保存的内容以及顺序,最后点创建文件。这样你选中 文章的信息就以纯文本文件的形式保存到本地电脑上了。

题目里有 dutpase,作者里有 abergel,有点儿意思,点一下题目,看看详细。Pubmed 提供文 献的摘要和全文链接。这里有两个全文链接。其中一个链接的图标上有 free 字样。Jim 很幸 运,这篇文章是 open access 的,也就是免费阅读的。两个链接,第一个是期刊提供的全文 链接,第二个是 PubMed 中心提供的全文链接。点其中一个链接,就可以在线浏览文献全文 了,或者下载全文的 PDF 文件到本地。至此,JIM 总算找到了些许有用的信息。

二、高级用法

回到 PUBMED 搜索结果页面,在显示内容格式这个下拉菜单里,除了总结,摘要,还 有个叫 MEDLINE 的项目。你可以把它简单的理解为数据库中文献记录的内部结构。每条 文献都是以这样的内部结构存储在数据库中的。一篇文献的所以信息被分割成小节,每个小 节都有自己的索引名,比如 TI 代表题目,AB 代表摘要,AU 代表作者等等。这些由几个字母组成的索引名是规定好的。

了解了 MEDLINE 结构,我们就可以在搜索条中通过引入索引名,来按照不同的规则 搜索。比如搜索 Down 这个词。我们在 Down 的后面加上空格,中括号 AU(Down [AU]), 就会返回所有作者名里有 Down 这个词的文献。如果加上[TI],则返回题目中有 Down 的 文献。中括号 AD 是搜索发表单位。如果什么限制都没有,只写 Down 的话是在任意地方搜 索。我们看到,引入不同索引名后,搜索到的文献数量是不相同的。

现在,我们的 Jim 已经学会了 PubMed 的基本使用。他打算趁暑假回北京期间找个相关 的专家拜访一下。于是他在 PubMed 上搜索,题目和摘要里有 dUTPase 的文献,而且文献的 发表单位是北京的(dUTPase [TIAB] Beijing [AD])。搜索后,找到了这四篇文章。 其中第二篇文章是研究 dUTPase 晶体结构的,Jim 很感兴趣。点进去看一下,找到最后一位 的作者。我们说,通常课题的主要负责人会以通讯作者的身份出现在作者列队的最后。那么, 这个研究团队的主要负责人就是这位 Su XD,Su 教授。他的单位是北京大学。之后的任务 就可以交给度娘来完成了。度娘很快就找到了苏教授的地址和电话,而且连照片都有。Jim 通过这些信息,成功的拜访了北京大学生命科学学院的苏晓东教授。

除了搜索条,我们还可以利用高级搜索工具更精确的查找。高级搜索可以无限的添加条 件。比如发表日期从哪天到哪天,文章类型是 research article 还是 review,语言是英语发表 的还是其他语言发表的等等。我们可以查找比如 2000 年至今发表的,题目有 dUTPase 关键 词的,英语的,review 文章。一共找到五篇,相信 Jim 同学看完这 5 篇文章之后,一定会对 dUPTase 有一个很好的了解。

关于 PubMed 还有几点要说明的。在搜索时,可以使用引号。引号里的词会被当作一个 整体来看待,而不会被拆开。这个小技巧同样适用于度娘等网络搜索引擎。也可以使用逻辑词 AND OR NOT。比如你可以规定,题目里有 dUPTase,并且题目里有 bacteria,但是作者 里不要有 Smith(dUTPase [TI] AND bacteria [TI] NOT Smith [AU])。此外,如 果知名知姓,可以利用正确的名字缩写来提高搜索的准确度。还有非常关键的一点,每篇文 章都有自己唯一的 PubMed ID(PMID)。通过这个号,可以直接找到某一篇文章。最后,不 得不说的是,有的时候 PubMed 也帮不了你。比如,搜索 1995 年以前的文献中排名十位以 后的作者是白费力气。搜索 1976 年以前的文献是没有摘要的。搜索 1965 年以前的文献,就 别想了。关于 PubMed 就给大家介绍到这里。

PS

以实际案例的形式来讲述了Pubmed的用法,果真不错。

参考资料:

山东大学 生物信息学课题组荣誉出品 http://www.crc.sdu.edu.cn/bioinfo 巩晶老师课件

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