【5.6】小分子三维结构构建与优化--Discovery Studio (DS)

一、实验目的

利用accelrys公司的Discovery Studio软件,构建下列三个化合物的结 构,了解Discovery Studio的界面及基本操作,熟悉构建小分子的三维 结构的方法及优化方法。

二、实验原理

  • 小分子模拟主要是构建小分子的三维结构,研究小分子的构象并对 其性质进行模拟,是从事分子模拟与药物设计工作的基础。
  • 构建小分子的三维结构是一个多步骤的过程,常见分子模拟软件都 有此项功能,如sybyl,MOE,Schrödinger、Discovery Studio都有 此项功能。

三、实验步骤

  • 利用Discovery Studio软件绘制三个药物分子的三维结构
  • 小分子结构的优化
  • 计算小分子理化性质
  • 小分子绘制结构的保存

打开小分子编辑窗口、菜单及工具条

绘制重原子骨架

修改原子类型

修改杂化态、手性、电荷

加氢处理

构象优化

计算性质

小分子保存

常见的小分子保存格式: MDL MOL/SD Files Sybyl MOL2 Files

四、思考题

  1. 通过软件绘制的小分子与靶点结合小分子在构象上有何区别?
  2. 如何区分最低能量构象与极低能量构象?

参考资料

  • 复旦大学 李炜 老师的 《药物设计学》 课件
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