【8.3】gRNA库

资源共享缩短了从计划实验到进行实验所需的时间。 在Addgene,超过120个实验室已经存放了CRISPR reagents,包括许多含gRNA的质粒( McDade等,2016 )。 这些质粒中包含的许多gRNA已在同行评审文章中成功使用。 如果您要使用CRISPR靶向最喜欢的基因,那么使用其中一种经过验证的gRNA可以节省您花费在制作和测试全新gRNA设计上的时间。 现在,您可以在我们新近策划的经过验证的gRNA靶序列表中轻松找到许多经过验证的gRNA

什么是经过验证的gRNA?

正确的靶标选择和gRNA设计对于CRISPR实验至关重要。 选择过程通常很耗时,并且不能保证所选择的序列会产生有用的gRNA。 或者,您可以选择已经在CRISPR实验中证明有效的靶序列。

Addgene致力于资源共享,这促使我们开发了一个可搜索且可排序的数据表,其中包含经过验证的gRNA序列。 在本文中进行验证是指表中列出的每个gRNA已在已发表文章中得到有效使用的事实。 这篇博客文章将作为使用我们经过验证的gRNA靶序列表的指南。

免责声明:gRNA的功效受靶标位置,靶标序列和模型系统的影响。 即使已证明gRNA可以在您的系统中工作,也值得花时间对基因组靶标进行测序以确定是否存在任何序列变异(例如SNP)。 此外,考虑测试针对同一基因座的多个gRNA,以确保其作用针对该基因座。

经过验证的gRNA表中的数据来自科学家提交的文件,存放的gRNA质粒或仅包含经过验证的gRNA序列的电子表格的文件。 对于不是从质粒产生的经过验证的gRNA,欢迎提交序列。 例如,如果您更喜欢以RNP(核糖核蛋白)的形式传递CRISPR成分,因此通常在体外转录gRNA,则可以向我们发送有效gRNA的序列,并将它们添加到此列表中。

Access the spreadsheet for submitting your gRNA sequences here.

You can access the datatable here. Current table columns are target gene, species, sequence, Addgene plasmid ID (if we have one associated with the gRNA), application, cas9 species, PubMed ID, and depositor. The CRISPR applications we currently have data for are: cut, activate, interfere, visualize, nick, purify, tag, scaffold, CRISPR-display, and dCas9-FokI.

该表既可排序又可搜索,可以帮助排除您不感兴趣的数据。对于数字列,您可以使用数据表标题中的alphabetically顺序或升序或降序排序。

任何列中的数据都是可搜索的,您可以按数据的任何部分进行搜索。 例如,输入“C.elegans”或“ elegans”将过滤表格以显示秀丽隐杆线虫的gRNA序列。 您还可以按多个关键字过滤,这些关键字之间用单个空格隔开,以获取更具体的信息。 例如,要显示在人类系统中用于激活的gRNA,请搜索“智能激活”以过滤表格并准确找到您要查找的内容。

使用上方红色突出显示的框进行搜索。 搜索时,值得尝试使用备用名称,尤其是基因名称。

如果找到适合您实验的序列,建议您在原始出版物中确认详细信息和最终实验结果。 在开发和确认新的gRNA时,请考虑提交其序列(和质粒!),以便此共享资源可以继续增长。

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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