【6.7】命名您的质粒

命名质粒没有通用的规则,但这里有一些很好的指导原则可以遵循,以确保人们可以快速轻松地识别您的质粒包含的内容和其他重要信息。

提示:小写“p”通常用作质粒名称的第一个字母,仅表示对象是“质粒”。“p”代表质粒。

pXXXXX-XXXX

第 1 步:主干名称 Backbone name

在您的质粒名称中包含空骨架名称。这条简单的信息通常可以传达许多重要的细节。一旦您知道质粒所基于的骨架,您通常可以得出:a) 细菌抗生素抗性,b) 驱动插入的启动子,以及 c) 任何其他选择标记(用于其他细胞类型,例如真核细胞)。

pBackBONE-XXXXX

第 2 步:插入名称 Insert name

在您的质粒名称中包含有关插入片段的信息。这通常是基因(或 DNA 序列)的 3-6 个字母表示。

pBackBONE-hGene

提示:研究人员通常会在插入缩写的开头添加一个小写字母,以指明它是什么物种。示例:’h’ 代表人类(homo sapiens),’m’ 代表小鼠(mus musculus),’r’ 代表大鼠(rattus rattus或rattus norvegicus)等。

第 3 步:添加标签 Add your tags

添加插入物上的任何标签或融合。通常,您会按照它们在质粒中出现的顺序以及它们与插入片段的相对位置列出任何标签或融合蛋白。例如,如果您在插入的 N 端有一个 Flag 标签,您将首先列出它。

pBackBONE-Flag-hGene

如果还有一个 EGFP 融合到您的插入的 C 端,您将在插入后列出它。

pBackBONE-Flag-hGene-EGFP

其他注意事项

如果您的插入片段包含突变或修饰,则应将其包含在质粒名称中。突变通常被列为氨基酸变化而不是核苷酸变化。表示氨基酸突变的正确方法是列出野生型氨基酸的单字母缩写,紧随其后的是其相对于起始蛋氨酸 (Met) 的位置(编号),然后是当前突变氨基酸的单字母缩写在那个位置。

相比之下,插入的未突变或野生型 (wt) 版本通常在插入名称之前或之后直接用“wt”表示。

示例:如果第 295 位的谷氨酰胺突变为丙氨酸,Q295A。

突变版本: pBACKBONE-Flag-hGene(Q295A)-EGFP

野生型版本: pBACKBONE-Flag-hGene-EGFP 或 pBACKBONE-Flag-hGene(wt)-EGFP

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

Sam avatar
About Sam
专注生物信息 专注转化医学