【9.1.3】moe序列标记

打开pdb文件略。。

1.选中序列结构,如下图,所示,粉色的标记代表着C链被选中了(半粉代表部分选中)

2.然后进行标记,选中跟C链离得近的残基,标注出来

此时可以看到 C链全选中,A,B 部分选中

此时可以看到 C链全选中,A,B 部分选中

3.鼠标放在蓝色背景标记的位置,单价右键,选中residues,选中标记的颜色

4.进行序列复制

鼠标选中xxxx

edit– copy as – moe (如果不想复制结果信息,就直接fst格式就可以了,在序列上可以通过粗细看出来)

然后 ctrl +v 复制,得到这个

5.最后的结果为:

第一行是CDR标记,第二行为临近点,第三行为选中的序列的标记

上述的步骤中省略掉了很多,比如:

  1. cdr注释: annoate–antibody–cdr;
  2. 复制2次;
  3. ctrl + L 来选择序列,然后在选择的序列鼠标右键标记residues颜色
  4. 比如双击序列是全选,再次双击就是取消选中
  5. 比如选中序列,选择residues的标记为None
  6. 选择的残基,然后 select – set create – 就可以将他们保存到操作界面中,以后方便调取 (这个很吊呀)
  7. 用选择的的残基进行superpose。 选择 selected residues , structure only 进行superpose

具体我就不说了。。

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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