【3.7】蛋白质-蛋白质分子对接

分子对接(docking): 蛋白质-蛋白质 分子对接

尝试所有可能的结合形式,并根据打分函数给每种形式打分排名。

对接的过程中会考虑如下因素:

  • 形状互补
  • 亲疏水性
  • 表面电荷分布

两种蛋白质-蛋白质分子对接:

  • Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。
  • Flexible Docking 柔性对接–计算量大,可用软件少,且多为收费软件。

蛋白质相互作用常用对接软件

  • ZDOCK
  • GRAMM-X

输出值都为多个对接状态(根据能量高低排序,能量低的排名靠前)。结果可用VMD查看。

GRAMM-X的输出结果,即多个对接状态都保存在同一个PDB文件中。该PDB文件包含多个Frames,每个Frame为一个对接状态。保存输出结果中的某一个状态:在VMD main中选中当前的文件,右键Delete Frames,删去不要的那些状态,再右键 Save Coordinates,保存唯一留下的没删的状态。

对接后,ZdockA.pdb(receptor)的位置没有改变,ZdockB.pdb(ligand)产生了500个可能的对接结果,点“TOP 10 Predictions” 可下载前10个。如果要下载更多或全部500个,需要运行下面的JAVA插件。通常前10个状态就已经足够了。

PDBePISA: 蛋白质相互作用分析软件

输入的复合体应为一个PDB文件,其中不同的单体表示为不同的链(chain)。

参考资料:

山东大学 生物信息学课题组荣誉出品 http://www.crc.sdu.edu.cn/bioinfo 巩晶老师课件

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