【3.1.3】蛋白质结构decoys

蛋白质结构诱饵( Protein structure decoys )是指蛋白质的人工结构构象( artificial structural conformations ),其通常用于指导蛋白质折叠力场( protein folding force fields )的设计,测试和训练。虽然结构诱饵可以通过各种方法产生,包括一般的随机游走,但只有那些具有蛋白质样结构特征和元素的方法才能用于蛋白质力场设计。

然而,类似于文献和网站中所有现有的诱饵集(decoy sets),这些诱饵有几个缺陷:(1)诱饵集仅针对预先存在的蛋白质目标设计; (2)分布往往集中在几个集群; (3)结构通常在二级结构和回转半径分布方面存在缺陷,可以通过trivial potentials容易地识别。为了解决这些问题,最近开发了一种专门的方法3DRobot,用于为任何蛋白质创建多样且包装良好的结构诱饵(参见下文,或Deng等,Deng et al, 3DRobot: Automated Generation of Diverse and Well-packed Protein Structure Decoys. Boinformatics, 32: 378-87, 2016).

I-TASSER和QUARK在基准测试和CASP实验中在实际折叠模拟中生成的几组诱饵:

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

Sam avatar
About Sam
专注生物信息 专注转化医学