【3.5】蛋白质分子表面性质

  1. 表面形状(VMD:SURF representation)
  2. 表面电荷分布(electrostatic potential)
  3. 表面残基可溶性(solvent accessibility),即残基与溶剂接触的程度,也就是哪些地方是掩埋在内部的(buried);哪些地方是露在表面的(eposed);哪些地方介于掩埋与暴露之间的重点状态(intermediate)。

一、VMD 程序

下载APBS插件

VMD不认识中文,路径中不要有中文

PS: 回头自己多加练习VMD吧

参考资料:

山东大学 生物信息学课题组荣誉出品 http://www.crc.sdu.edu.cn/bioinfo 巩晶老师课件

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