【6.8.2】Sanger测序数据的编辑效率分析 (TIDE)

Sanger测序数据的编辑效率分析的工具:

  • R (EditR),
  • TIDER (Tracking of Indels by Decomposition )。http://shinyapps.datacurators.nl/tide/
  • ICE
  • base editing analysis tool (BEAT) , https://hanlab.cc/beat/ ,基于python的工具,发完文章以后,开源的代码就没有了。。

TIDE 使用这些峰高来确定整个序列轨迹长度上异常核苷酸的相对丰度。 TIDE 的可靠性取决于 PCR 产物的纯度和序列读数的质量

参考资料

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn