Goslim注释

一. GO slim简介

GO slims(http://www.geneontology.org/page/go-slim-and-subset-guide)are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the ontology content without the detail of the specific fine grained terms. 简单地讲,GO slim简化的本体论术语。能简化GO 的注释结果,将所有的 GO 注释归类到指定的数个 GO 功能分类上。 点击进入:GO Database Guide(http://www.geneontology.org/page/lead-database-guide) 点击进入:Ontology Downloads(http://www.geneontology.org/page/download-ontology)

二、GO slim注释

2.1 安装go-perl

方法1:

# perl -MCPAN -e shell
cpan[1]> install GO::Parser

方法2:

$ wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CM/CMUNGALL/go-perl-0.15.tar.gz
$ tar zxf go-perl-0.15.tar.gz
$ cd go-perl-0.15
$ perl Makefile.PL
$ make
$ sudo make install

查看go-perl的说明文档

$ perldoc go-perl.pod

2.2 convert file to GAF 2.0

name go ——> gaf 2.0 (这一步怎么操作不清楚,没做过)

2.3 map2slim的使用

用法:

$ map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo \
data.gaf > data.slim;

gene_ontology.obo和goslim_generic.obo文件在Ontology Downloads中下载。 操作的对象为GAF格式文件。当然此文件可以用blast2go的专业版生成。

使用map2slim的优点是可以自己构建属于自己物种的obo文件,然后运行该程序查看所感兴趣的功能基因的数目。

2.4 使用blast2go做goslim

blast2go做goslim就很简单了,但是只能使用官网所公认的几个obo文件做goslim。

命令行里面加入参数-goslim(详见之前博文http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101iy3d.html)

Ps:其实这个go与go slim,我现在还是理解的不够深刻。注释出来又能干什么捏!!!

参考资料:

http://tmjdone.blog.163.com/blog/static/3709219720122411439670/

http://www.chenlianfu.com/?p=2066(超赞)

个人公众号,比较懒,很少更新,可以在上面提问题,如果回复不及时,可发邮件给我: tiehan@sina.cn

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